Pseudomonas fluorescens

Table 3. Protein constituents of protein secretory pathways of Pseudomonas fluorescens Pf0-1
Function Prototype System I System II System III System IV System V System VI System VII System VIII System IX Location
    Protein Contig# Gene# Protein Contig# Gene# Protein Contig# Gene# Protein Contig# Gene# Protein Contig# Gene# Protein Contig# Gene# Protein Contig# Gene# Protein Contig# Gene# Protein Contig# Gene#  
a. Sec System (type II)
Chaperone   SecB 265 58                                                 cytoplasm
ATPase   SecA 231 4                                                 cytoplasm
TM complex   SecY 271 1                                                 IM
    SecE 141 151-522bp                                                 IM
    SecG 206 14                                                 IM
Auxiliary pr.   SecD 314 14                                                 IM
    SecF 314 15                                                 IM
    YajC 314 13                                                 IM
Membrane insertion pr.   FtsY 233 7                                                 cytoplasm
    Ffh 252 40                                                 cytoplasm
    YidC 278 3                                                 IM
SPase I   LepB 196 7                                                 IM
SPase II   LspA 296 104                                                 IM
                         
b. The Twin Arginine Targeting (Tat) Protein Secretory System (type V)
    TatA 256 44                                                 IM
    TatB 256 45                                                 IM
    TatC 222 1                                                 IM
                         
c. Holin                          
Holin   LrgA 268 6 Hol 279 52                                           IM
Putative substrate   LrgB 268 7 Lys 248 42                                           secreted
                         
d. The Large Conductance Mechanosensitive Ion Channel (MscL) Family                        
    MscL 296 30                                                 IM
                         
e. The ABC Protein Secretory System (type 1)                        
ABC transporter   AprD 316 352   165 & 298 3 & 1   269 12 not applicable                               IM
MFP   AprE 316 353   298 1   269 13 not applicable                               IM/OM
OMF   AprF 316 354   165 2   269 11 TolC 287 78                               OM
Putative substrates   AprA 316 350 not found not found not applicable                               secreted
    LipA1 316 358                                                 secreted
    LipA2 316 357                                                 secreted
                         
f. Type III Protein Secretion and Flagellar Biosynthesis Systems                        
ATPase (YscN) FliI 274 39                                                 cytoplasm
Cytoplasmic pr. (YscL) FliH 274 38                                                 cytoplasm
  (YscQ) FliN 274 48                                                 cytoplasm?
IM components (YscR) FliP 155 3                                                 IM
  (YscS) FliQ 155 4                                                 IM
  (YscT) FliR 155 5                                                 IM
  (YscU) FlhB 155 & 247 6 & 16                                                 IM
  (LcrD) FlhA 247 20                                                 IM
  (YscC) FliG 274 37                                                 IM
IM/OM bridge (YscJ) FliF 274 36                                                 IM/OM?
                         
g. Main Terminal Branch (MTB, type II)                        
ATPase (PulE) XcpR 295 68 HxcR 260 54 HxrA 232 7       PilB 239 23                         cytoplasm
                            PilT 233 18                         cytoplasm
                            PilU 303 103                         cytoplasm
Peptidase (PulO) XcpA/PilD 239 25 XcpA/PilD 239 25             XcpA/PilD 239 25                         IM
Major pilin (PulG) XcpT 295 80 HxcT 260 48             PilA 239 32                         IM/OM
Prepilin (PulH) not found HxcU 173 3             FimU 296 2                         IM/OM
  (PulI) not found HxcV 260 26             not applicable                         IM/OM
  (PulJ) not found HxcW 173 4             not applicable                         IM/OM
  (PulK) not found HxcX 260 49             not applicable                         IM/OM
IM pr. (PulF) XcpS 295 81 HxcS 260 55             PilC 239 24                         IM
  (PulC) not found HxcP 173 5             not applicable                         IM
  (PulL) not found HxcY 260 50             not applicable                         IM
  (PulM) not found HxcZ 260 51             not applicable                         IM
Secretin (PulD) XcpQ 295 73 HxcQ 260 53       XqhC 307 86 PilQ 256 17                         OM
                         
h. Fimbrial Usher Porins (FUP)                        
Usher   FupU1 168 6 FupU2 303 5 and 6                                           OM
Chaperone   FupC1 243 27 FupC2 303 4                                           periplasm
Pilus subunit   not found FupP 303 3                                           secreted
                         
i. Autotransporters (AT)                        
AT   EstA 304 16 PspA 316 355 PspB 316 356 PspC 275 67 PspD 275 68 PspE 312 52   311 175   315 98   316 210 OM / secreted
    esterase serine protease? serine protease? serine proteases? serine proteases? serine proteases? tyrosine phosphatase? adhesin? unknown  
                                                           
                         
j. The Two-Partner Secretion (TPS) Systems                        
Transporter   TpsT1 312 16 TpsT2 227 9 TpsT3 307 82                                     OM
Putative substrate   TpsS1 312 18 TpsS2 260 58 not found                                     secreted
    hemolysin? hemolysin?                                        
1. Constituents of each secretory system are shown in the same column. Homologues between different systems are in the same raw and shaded with the same color.                        
2. Blue letters indicate an incomplete transport system that was found.
3. New names of some proteins: FupU = FUP pathway, usher protein; FupC = FUP pathway, chaperone protein; FupP = FUP pathway, pilin subunit; TpsT = TPS pathway, transporter; TpsS = TPS pathway, substrate;
4. Abbreviations: TM, transmembrane; IM, inner membrane; OM, outer membrane; pr., proteins.
5. The genome sequence of P. fluorescens Pf0-1 was downloaded from http://spider.jgi-psf.org/JGI_microbial/html/pseudomonas/pseudo_homepage.html (released on Dec. 4, 2000). We appreciate the DOW Joint Genome Institute for making this genome available to the public.

Last Updated on 8/2/2002
By Qinhong Ma
Email: qma@biomail.ucsd.edu